Die örtlichen BN-Gruppen und ihre ehrenamtlichen Aktiven leisten in vielen freien Stunden praktischen Naturschutz, der zum Erhalt schützenswerter Lebensräume und Landschaften beiträgt. Die Mitglieder der Kreisgruppen wählen Delegierte als ihre Vertreter, die alljährlich aus ganz Bayern zur Delegiertenversammlung zusammenkommen. Auf der Delegiertenversammlung wählen die Delegierten alle vier Jahre den Landesvorstand und den Landesbeirat. Der ehrenamtliche Vorstand und sein Vorsitzender leiten den Verband fachlich und organisatorisch. Beraten wird der Vorstand vom Beirat, der auch die Umsetzung der Beschlüsse der Delegiertenversammlung durch den Vorstand überwacht. In den ebenfalls ehrenamtlich gebildeten Arbeitskreisen, die sich den wichtigsten Umweltthemen widmen, tauschen sich BN-Aktive fachlich aus, werden die Arbeitsschwerpunkte des Landesverbandes behandelt, brennende Themen erörtert und Projekte vorbereitet.