Das Bergwaldprojekt wurde 1987 auf Initiative von Wolfgang Lohbeck (Greenpeace Deutschland) und dem Schweizer Förster Renato Ruf im Zusammenhang mit der Waldsterbensdebatte gegründet. 1990 wurde die Schweizer Stiftung Bergwaldprojekt mit Sitz in Trin (GR) gegründet. Der erste deutsche Projekteinsatz fand 1991 in St. Andreasberg im Harz statt. Der deutsche Verein Bergwaldprojekt e.V. wurde 1993 gegründet, mit heutigem Sitz in Würzburg. Der gemeinnützige Verein setzt sich aus 25 ehrenamtlichen Mitgliedern zusammen und ist unabhängig, überparteilich und weltanschaulich neutral. Das Bergwaldprojekt ist neben Deutschland und der Schweiz auch in Österreich, Liechtenstein und in Spanien vertreten.